MySQL с настройками по умолчанию потребляет много памяти. Более 500 мегабайт на чистой установке может уходить на поддержание performance_schema. Если на хостинге/виртуалке мало памяти, и проект не критичный, то это можно отключить пожертвовав данной функциональностью MySQL и высвободить приличный объем памяти. Но не стоит этого делать для критически важных проектов в энтерпрайзе!
В конфигурационном файле my.cnf, а лучше в отдельном кастомном файле в conf.d, в секцию [mysqld] добавить следующую настройку:
[mysqld]
performance_schema = 0
Так же, если бинлоги съедают много места на диске с ограниченным пространством, можно уменьшить время хранения бинлогов:
[mysqld]
binlog_expire_logs_seconds = 259200
